Development of Kompetitive Allele Specific PCR markers for identification of persimmon varieties using genotyping-by-sequencing

BACKGROUND: Persimmon (Diospyros kaki Thunb.) is the most widely cultivated species of the genus Diospyros. In this study, genetic diversity and variations in persimmon genotypes were investigated using single nucleotide polymorphism (SNP) markers identified by genotyping-by-sequencing (GBS) analysis. RESULTS: Ninety-five persimmon accessions grown in the Pear Research Institute, National Institute Horticultural and Herbal Science, were sequenced using the Illumina Hiseq2500 platform and polymorphic SNPs were detected to develop molecular markers. These reliable SNPs were analyzed using the Kompetitive Allele Specific PCR (KASP) assay to discriminate among persimmon genotypes. GBS generated a total of 447,495,724 trimmed reads, of which 89.7% were raw reads. After demultiplexing and sequence quality trimming, 108,876,644 clean reads were mapped to the reference transcriptome. An average of 1,146,070 genotype reads were mapped. Filtering of raw SNPs in each sample led to selection of a total of 1,725,401 high-quality SNPs. The number of homozygous and heterozygous SNPs ranged from 1,933 to 6,834 and from 846 to 5,927, respectively. CONCLUSIONS: Of the 49 SNPs selected for development of an identification system for persimmons, 15 SNPs were used in the KASP assay to analyze 32 persimmon accessions. These KASP markers discriminated among all accessions.

The mental health of Korean immigrants in São Paulo, Brazil / Saúde mental dos imigrantes coreanos em São Paulo, Brasil

This study investigated the frequency of lifetime mental disorders among Korean immigrants in the city of São Paulo, Brazil. Snowball sampling with multiple focuses was used to recruit Korean immigrants older than 18 years and living in São Paulo. A total of 324 Korean immigrants were selected and their mental status was evaluated using a structured interview, namely the Portuguese or the Korean version of the Composite International Diagnostic Interview 2.1. The diagnoses of mental disorders were made according to the ICD-10. The frequency of any lifetime psychiatric disorder was 41.9 percent. The frequencies of main disorders were: anxiety disorder, 13 percent (post-traumatic stress disorder, 9.6 percent); mood disorder, 8.6 percent; somatoform disorders, 7.4 percent; dissociative disorder, 4.9 percent; psychotic disorder, 4.3 percent; eating disorder, 0.6 percent; any substance (tobacco, alcohol, drugs) use disorder, 23.1 percent. The frequency of any psychiatric disorder except alcohol and tobacco use disorders was 26.2 percent. Korean immigrants have more psychiatric disorders than the Korean population in Korea, particularly post-traumatic stress disorder, and almost the same rate as the Brazilian population. Mental health authorities should promote a healthier integration and the development of culturally sensitive mental health programs for Korean immigrants.

Este estudo verificou a freqüência de transtornos psiquiátricos em uma comunidade de imigrantes coreanos na cidade de São Paulo, Brasil. A amostragem snowball com vários focos foi utilizada para contatar os imigrantes coreanos, acima de 18 anos e residentes em São Paulo. Foram selecionados 324 sujeitos, cuja saúde mental foi avaliada por meio de uma entrevista estruturada, Composite International Diagnostic Interview 2.1, nas versões em português e coreano. Foi utilizado o critério de diagnóstico CID-10. A freqüência de algum diagnóstico psiquiátrico na vida foi de 41,9 por cento. As freqüências de principais diagnósticos na vida foram: transtornos de ansiedade, 13 por cento (transtorno de estresse pós-traumático, 9,6 por cento); transtornos do humor, 8,6 por cento; transtornos somatoformes, 7,4 por cento; transtornos dissociativos, 4,9 por cento; transtornos psicóticos, 4,3 por cento; transtornos alimentares, 0,6 por cento; transtornos decorrentes de substâncias (álcool, tabaco ou drogas), 23,1 por cento. A freqüência de diagnósticos psiquiátricos na vida, excluindo-se os decorrentes de álcool e tabaco, foi de 26,2 por cento. Os imigrantes coreanos apresentam mais transtornos psiquiátricos do que a população coreana na Coréia, especialmente transtorno de estresse pós-traumático, e uma taxa semelhante à encontrada na população brasileira. As autoridades de saúde mental devem promover uma integração mais saudável por meio de programas culturalmente sensíveis aos imigrantes coreanos.

Estudo transversal sobre a saúde mental de imigrantes coreanos em São Paulo / Frequency of mental disorders in korean immigrants in the city of São Paulo

Objetivos: Verificar a freqüência de transtornos psiquiátricos em uma comunidade de imigrantes coreanos em São Paulo e comparar o perfil sócio-demográfico entre o grupo com algum transtorno psiquiátrico e o outro sem nenhum diagnóstico. Método: Foi realizada a investigação comunitária através da amostragem snowball com vários focos. O instrumento utilizado foi o CIDI 2.1 - OMS (Composite International Diagnostic Interview). Os sujeitos foram 324 imigrantes coreanos, acima de 18 anos, residentes na cidade de São Paulo. Resultados: Foi utilizado o critério de diagnóstico CID-I0. A freqüência de algum diagnóstico psiquiátrico na vida foi de 41,9 por cento, sendo encontrado mais entre os homens (OR=1,6) e entre aqueles que tinham mais de 12 anos de escolaridade (OR=I,7). As freqüências de principais diagnósticos na vida foram: transtornos do humor, 8,6 por cento; transtornos de ansiedade, 13 por cento; transtornos psicóticos, 4,3 por cento; transtornos somatoformes, 7,4 por cento; transtornos dissociativos, 4,9 por cento; transtornos alimentares, 0,6 por cento. A freqüência de diagnósticos psiquiátricos na vida decorrentes de substâncias - álcool, tabaco ou drogas - foi de 23,1 por cento, encontrados mais entre os homens (OR=5,8). A freqüência de diagnósticos psiquiátricos na vida, exluindo-se os decorrentes de substâncias - álcool, tabaco ou drogas - foi de 25,9 por cento. As variáveis associadas ao diagnóstico foram o sexo, a percepção de prejuízo pelo fato de ser coreano e avaliação da situação sócio-econômica como classe baixa em relação aos coreanos. Conclusões: A comunidade de imigrantes coreanos apresentou uma freqüência de transtornos mentais, que foi mais alta do que a prevalência encontrada na população coreana da Coréia, e próxima à da população brasileira. A saúde mental foi influenciada pelos fatores referentes à imigração.